درمانگاه کلینیک تخصصی بیمارستان موسی ابن جعفر(ع) در ضلع شمالی بیمارستان و در کنار خیابان منتهی به میدان پرستار و در مجاورت بخش اورژانس واقع شده است ساختمان جدید بنا شده فعلی از سال 1396 به بهره برداری رسید و در دو طبقه مجزا که با راه پله مرتبط هستند واحدهای کلینیک از هم تفکیک شده است ویزیت روزانه بیماران توسط پزشکان محترم متخصص بات برنامه ریزی و ماهیانه در سامانه نوبت دهی دانشگاه علوم پزشکی مشهد در بیمارستان موسی بن جعفر ( ع ) قوچان بارگذاری و نوبت دهی می شود نوبت های حضوری کلینیک تخصصی به بیماران روستایی که دسترسی به اینترنت ندارند ارائه می شود که 30 الی 40 درصد مجموع مراجعین را شامل می شود